| 時代 | 西暦（年号） | 智積院 年表【読み仮名】 | 参考（真言宗・世界年表） | ||
| 774 弘法大師誕生 804 弘法大師、入唐 806 弘法大師、 真言宗を開宗 835 弘法大師入定 1095 興教大師誕生 1143 興教大師入滅 1467 応仁の乱 1549 キリスト教伝来 |
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| 室町 | 1556 （弘治2年） |
日秀【にちしゅう】が根来寺学頭寺院智積院【ねごろじがくとうじいん】の住持となる | |||
| 安土桃山 | 1577 （天正5年） |
根来寺塔頭智積院の住持日秀が遷化し、玄宥【げんゆう】が後住となる | |||
| 1585 （天正13年） |
豊臣秀吉の焼き討ちにあい、玄宥能化【のうけ】ら高野山に逃れる | 1590 秀吉による全国統一 1592頃 長谷川等伯・久蔵親子及び一門、祥雲寺障壁画を完成させる 1593 長谷川久蔵没 |
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| 1598 （慶長3年） |
玄宥能化が徳川家康より京都北野に寺地を得て、智積院再興に踏み出す | 1600 関ヶ原の戦い |
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| 1601 （慶長6年） |
玄宥能化（中興第1世）が徳川家康より豊国【とよくに】神社の坊舎3ヵ所を賜り、智積院を再興する | 1610 長谷川等伯没 |
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| 江戸 | 1613 （慶長18年） |
日誉【にちよ】能化（第3世）が智積院法度・朱印状を賜る | |||
| 1615 （元和1年） |
日誉能化が徳川家康より祥雲寺【しょううんじ】を拝領する | ||||
| 1616 （元和2年） |
前年に拝領した「豊国ノ釣鐘」に、根来寺別院智積院の再興の旨を刻む | ||||
| 1619 （元和5年） |
幕府より能化隠居所として京都北野大報恩寺養命坊（千本釈迦堂）を拝領、上桂村から京都大鳳寺【たいほうじ】村（宇治市）など500石に替地 | ||||
| 1632 （寛永9年） |
元寿【げんじゅ】能化（第4世）が仙洞論義【せんとうろんぎ】を行う | 1637 島原の乱（～38） 1642 興教大師500年御遠忌 |
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| 1667 （寛文7年） |
運敞【うんしょう】能化（第7世）が密厳堂【みつごんどう】・三神祠拝殿・鐘楼・浴室などを移転・新築する | ||||
| 1673 （寛文13年- 延宝1年） |
運敞能化が密厳堂の前方に経蔵（運敞蔵）を建立し、新渡の経本などを納める | ||||
| 1674 （延宝2年） |
運敞能化が居室を造立、方丈【ほうじょう】の庭園（名勝庭園）を改修し「東山第一」と称される | ||||
| 1682 （天和2年） |
方丈護摩堂の出火により方丈客殿・大書院・玄関・庫裏【くり】などが延焼する | ||||
| 1684 （貞享1年） |
翌年にかけ、東福門院【とうふくもんいん】（徳川和子）の旧殿数棟が与えられ、方丈を再建する | 1685 生類憐みの令 |
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| 1690 （元禄3年） |
覚鑁【かくばん】に「興教大師【こうぎょうだいし】」の諡号が贈られる | ||||
| 1692 （元禄5年） |
妙法院より三河山3,432坪を借用し、学寮数十軒を建立する | ||||
| 1696 （元禄9年） |
高野山から伝わる竪義【りゅうぎ】（伝法大会）がはじめて智山で行われる | 1702 松尾芭蕉『奥の細道』刊行 |
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| 1705 （宝永2年） |
5代将軍徳川綱吉の生母桂昌院【けいしょういん】の喜捨をもとに金堂を建立する | 1707 富士山噴火 |
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| 1709 （宝永6年） |
覚眼【かくげん】能化（第11世）の護持院僧録【ごじいんそうろく】昇進紀念として天満宮を建立する | ||||
| 1727 （享保12年） |
長谷川等伯の金碧障壁画を方丈大書院の襖として修補する | 1732 享保の大飢饉 1782 天明の飢饉 |
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| 1788 （天明8年） |
天明の大火により閑院宮典仁【かんいんのみやすけひと】親王（光格天皇の父）が方丈を仮御殿とする | ||||
| 1789 （寛政1年） |
大師堂【だいしどう】を建立する | ||||
| 1812 （文化9年） |
智積院学侶墓地に阿弥陀仏を建立する | 1833 天保の飢饉（～39） 1834 弘法大師1000年御遠忌 |
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| 1851 （嘉永4年） |
求聞持堂【ぐもんじどう】を建立する | 1853 ペリー来航 |
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| 1863 （文久3年） |
土佐藩山内容堂【やまうちようどう】の陣所となり、方丈・勧学院【かんがくいん】などを土佐藩に貸し出す | 1867 大政奉還 1868 神仏分離令、 廃仏毀釈運動 |
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| 明治 | 1869 （明治2年） |
勧学院・大仲会所が爆発炎上する、後日勧学院本尊不動明王が方丈玄関で発見される（不動明王火中飛行の伝説） | |||
| 1882 （明治15年） |
金堂が炎上、本尊大日如来などを焼失する | 1887 土田麦僊生まれる（1936没） 1891 堂本印象生まれる（1975没） |
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| 1892 （明治25年） |
大書院、客殿藤絵間の金襖（彩色の秋草絵）などが盗難にあう | 1894 日清戦争（～97） 1897 古社寺保存法制定 |
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| 1895 （明治28年） |
佐伯隆基能化（第44世）が三山（成田山新勝寺・川崎大師平間寺・髙尾山藥王院）と協力し、私財を投じて唐門・宸殿【しんでん】などの大改修を行う | ||||
| 1900 （明治33年） |
「新義【しんぎ】真言宗智山派」を公称し、智積院は総本山となる | 1904 日露戦争 1914 第一次世界大戦（～18） 1923 関東大震災 |
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| 大正 | 1924年 （大正13年） |
御文庫・宝蔵の什宝整理のため宝物整理委員により調査を開始する | |||
| 1925 （大正14年） |
智積院新文庫を新築する | ||||
| 昭和 | 1927 （昭和2年） |
納骨堂を建立する | 1929 国宝保存法制定 |
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| 1935 （昭和10年） |
弘法大師1100年御遠忌を記念し、宝物館を建築する | 1939 第二次世界大戦（～45） 1941 太平洋戦争（～45） 田渕俊夫生まれる |
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| 1946 （昭和21年） |
「真言宗智山派」を公称する | ||||
| 1947 （昭和22年） |
大書院の国宝障壁画が合成樹脂を使用して修復される 宸殿から出火し同殿全焼、方丈殿（仮本堂）、大書院・集議の間・三山の間・内仏の間・居間・回廊・唐門、さらに国宝の障壁画16面を焼失する |
1948 後藤順一生まれる 1950 文化財保護法制定 |
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| 1952 （昭和27年） |
智積院障壁画が国宝に指定される 智積院本堂（旧京都浄土宗大雲院本堂）落成、玄宥僧正350年御遠忌法要を奉修する |
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| 1958 （昭和33年） |
堂本印象【どうもといんしょう】により宸殿襖絵が描かれる 三山の寄進により宸殿が再建される |
1964 東京オリンピック開催 |
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| 1966 （昭和41年） |
智積院会館を建立し、翌42年2月1日に開館する | ||||
| 1968 （昭和43年） |
国宝障壁画・屏風を保存する収蔵庫が完成する | ||||
| 1970 （昭和45年） |
京都市立芸術大学木造校舎の火災に伴い、智積院旧宝物館も類焼する | 1970 日本万国博覧会開催 | |||
| 1975 （昭和50年） |
弘法大師御誕生1200年の記念に金堂を再建する | ||||
| 1984 （昭和59年） |
弘法大師1150年御遠忌に際し法会を奉修 | ||||
| 1986 （昭和61年） |
京都国立博物館による什物調査が実施される | ||||
| 平成 | 1990 （平成2年） |
不動堂（現 明王殿）を金堂南側へ移築する | |||
| 1992 （平成4年） |
講堂新築工事前に大書院南側の発掘調査実施、祥雲寺時代の遺構が発見される | ||||
| 1994 （平成6年） |
大師堂・密厳堂・三神祠本殿（中殿 三部権現、右殿 九社明神、左殿 春日明神）・三神祠拝殿・鐘楼の七棟及び付属として大師堂の棟札・求聞持堂・藤森社・運敞蔵が京都府指定有形文化財（建造物）に指定される | ||||
| 1995 （平成7年） |
興教大師850年御遠忌を記念し講堂を再建する 後藤順一により集会の間襖絵が作成される |
1995 阪神淡路大震災 | |||
| 1996 （平成8年） |
智山書庫が完成し、宗務庁内に収蔵していた旧智山書庫の典籍類を移動する | ||||
| 1998 （平成10年） |
「智専の鐘」が寄進、建立される | ||||
| 2006 （平成18年） |
参道左側に玄宥僧正尊像を建立、開眼法要を挙行する | ||||
| 2008 （平成20年） |
講堂に田渕俊夫【たぶちとしお】による襖絵が奉納される | 2011 東日本大震災 |
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| 2018 （平成30年） |
明王殿・大書院・本坊（庫裏）・総門・唐門・中門の6棟が京都府暫定登録文化財に指定される | ||||
| 令和 | 2019 （平成31年- 令和元年） |
旧智積院会館を解体、翌2年に新しい智積院会館が完成する | 2021 東京オリンピック開催 |
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| 2023 （令和5年） |
弘法大師御誕生1250年を記念して、真言宗智山派総本山智積院展示収蔵庫宝物館開館 |
参照：『智積院誌』、『智積院史』、『智山年表 近世編』、『智山年表 近現代編』、『最勝院史』
※ 能化名の後の（）は世代数を示す